Pakiet: minimap (0.2-8 i inne)

[ Pakiet źródłowy: minimap  ]

Narzędzie do przybliżonego mapowania długich biosekwencji, takich jak odczyty DNA

Minimap to eksperymentalne narzędzie umożliwiające efektywne znajdowanie wielu przybliżonych pozycji mapowania pomiędzy dwoma zestawami długich sekwencji biologicznych, np. pomiędzy odczytami DNA a genomami referencyjnymi, pomiędzy genomami oraz pomiędzy długimi, zaszumionymi odczytami. Minimap nie generuje obecnie wyrównań i z tego powodu jest zwykle dziesiątki razy szybszy niż należące do głównego nurtu narzędzia wyrównujące. Nie zastępuje powszechnie stosowanych algorytmów wyrównywania, ale może być przydatny, gdy zachodzi potrzeba szybkiej identyfikacji długich przybliżonych dopasowań przy umiarkowanej rozbieżności w ogromnym zbiorze sekwencji. W przypadku tego zadania jest on znacznie szybszy niż większość istniejących narzędzi.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: scope::utility, use::calculating, Działa z: Sekwencje biologiczne

Inne pakiety związane z minimap

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie minimap

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
mips64el	0.2-8+b2	25,6 KiB	86,0 KiB	[lista plików]