Pakiet: estscan (3.0.3-6 i inne)

[ Pakiet źródłowy: estscan  ]

ORF-independent detector of coding DNA sequences

ESTScan is a program that can detect coding regions in DNA sequences, even if they are of low quality. ESTScan will also detect and correct sequencing errors that lead to frameshifts. ESTScan is not a gene prediction program , nor is it an open reading frame detector. In fact, its strength lies in the fact that it does not require an open reading frame to detect a coding region. As a result, the program may miss a few translated amino acids at either the N or the C terminus, but will detect coding regions with high selectivity and sensitivity.

ESTScan takes advantages of the bias in hexanucleotide usage found in coding regions relative to non-coding regions. This bias is formalized as an inhomogeneous 3-periodic fifth-order Hidden Markov Model (HMM). Additionally, the HMM of ESTScan has been extended to allows insertions and deletions when these improve the coding region statistics.

Inne pakiety związane z estscan

• dep: libc6 (>= 2.29) [nie arm64, riscv64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgfortran5 (>= 8)

  Runtime library for GNU Fortran applications

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

Pobieranie estscan

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	3.0.3-6	52,5 KiB	257,0 KiB	[lista plików]
arm64	3.0.3-6+b1	51,5 KiB	434,0 KiB	[lista plików]
armel	3.0.3-6	51,4 KiB	237,0 KiB	[lista plików]
armhf	3.0.3-6	49,6 KiB	221,0 KiB	[lista plików]
i386	3.0.3-6	52,7 KiB	253,0 KiB	[lista plików]
mips64el	3.0.3-6	53,6 KiB	256,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	3.0.3-6	54,8 KiB	433,0 KiB	[lista plików]
riscv64	3.0.3-6+b1	52,0 KiB	234,0 KiB	[lista plików]
s390x	3.0.3-6	51,9 KiB	245,0 KiB	[lista plików]