Pakiet: sra-toolkit (3.0.9+dfsg-7 i inne)
Odnośniki dla sra-toolkit
Zasoby systemu Debian:
- Raporty o błędach
- Developer Information
- Dziennik zmian w systemie Debian
- Informacje nt. praw autorskich
- Śledzenie łatek systemu Debian
Pobieranie pakietu źródłowego sra-sdk:
Opiekunowie:
- Debian Med Packaging Team (Strona QA, Archiwum e-mail)
- Charles Plessy (Strona QA)
- Andreas Tille (Strona QA)
- Aaron M. Ucko (Strona QA)
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [github.com]
Podobne pakiety:
Narzędzia do Sequence Read Archive z NCBI
Narzędzia do odczytywania archiwum SRA, zazwyczaj poprzez konwersję poszczególnych przebiegów do niektórych powszechnie używanych formatów, takich jak fastq.
Narzędzia do tekstowych zrzutów: sra-dump i vdb-dump zostały zamieszczone w tym wydaniu jako pomoc w kontroli wizualnej. Jest prawdopodobne, że efektywne formatowanie ich danych wyjściowych zostanie zmienione w najbliższej przyszłości do bardziej restrykcyjnych i sformalizowanych reprezentacji. PROSIMY NIE POLEGAĆ NA FORMACIE WYJŚCIOWYM POSTRZEGANYM W TYM WYDANIU.
Inne narzędzia dystrybuowane w tym pakiecie to:
abi-dump, abi-load, align-info, bam-load, cache-mgr, cg-load, copycat, fasterq-dump, fastq-dump, fastq-load, helicos-load, illumina-dump, illumina-load, kar, kdbmeta, latf-load, pacbio-load, prefetch, rcexplain, remote-fuser, sff-dump, sff-load, sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath, srf-load, test-sra, vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock, vdb-passwd, vdb-unlock i vdb-validate.
Informacje związane z opcją "help" zostaną ulepszone w wydaniach, które pojawią się w niedalekiej przyszłości, a opcje narzędzi zostaną znormalizowane w całym zestawie. Dodatkowa dokumentacja znajduje się również na stronie NCBI.
Opcje narzędzi mogą ulec zmianie w następnym wydaniu. W miarę możliwości opcje narzędzi z 1 wydania będą nadal obsługiwane, aby zachować możliwość funkcjonowania istniejących skryptów.
Inne pakiety związane z sra-toolkit
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.38)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 4.5)
- Biblioteka wspomagająca GCC
-
- dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3)
- HDF5 C runtime files - serial version
-
- dep: libmagic1t64 (>= 5.12)
- Rozpoznawanie typu danych w pliku za pomocą "magicznych" liczb - biblioteka
-
- dep: libncbi-vdb3 (>= 3.0.9+dfsg)
- libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives
-
- dep: libncbi-wvdb3 (>= 3.0.9+dfsg)
- virtual layer update module of ncbi-vdb library
-
- dep: libstdc++6 (>= 14)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- dep: libxml2 (>= 2.7.4)
- Biblioteka GNOME XML
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.2)
- Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze
-
- rec: med-config
- Debian Med general config package
Pobieranie sra-toolkit
Architektura | Wersja | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
---|---|---|---|---|
arm64 | 3.0.9+dfsg-7+b1 | 6 198,8 KiB | 18 304,0 KiB | [lista plików] |