Pakiet: minia (3.2.6-4 i inne)

[ Pakiet źródłowy: minia  ]

short-read biological sequence assembler

What was referred to as "next-generation" DNA sequencing up to the year 2020 delivered only "short" reads up to ~600 base pairs in length that would then have to be puzzled by random overlaps in their sequence towards a complete genome. This is the genome assembly. And there are many biological pitfalls on long stretches of low complexity regions and copy number variations and other sorts of redundancies that render this difficult.

This package provides a short-read DNA sequence assembler based on a de Bruijn graph, capable of assembling a human genome on a desktop computer in a day.

The output of Minia is a set of contigs, i.e. stretches of gap-free linear overlaps of short reads. In the best possible case this is a whole chromosome.

Minia produces results of similar contiguity and accuracy to other de Bruijn assemblers (e.g. Velvet).

Inne pakiety związane z minia

• dep: bc

  GNU bc - język kalkulatora z dowolną precyzją

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg)

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libhdf5-103-1t64

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: zlib1g

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• sug: bandage

  Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily

Pobieranie minia

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
arm64	3.2.6-4+b2	386,2 KiB	825,0 KiB	[lista plików]