Pakiet: libfreecontact-perl (0.08-9 i inne)

[ Pakiet źródłowy: libfreecontact-perl  ]

fast protein contact predictor - binding for Perl

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the Perl binding.

Znaczniki: Rozwój oprogramowania: Rozwijanie w języku Perl, Biblioteki, Zaimplementowane w: implemented-in::c, implemented-in::perl, Rola: Biblioteka deweloperska

Inne pakiety związane z libfreecontact-perl

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libfreecontact0t64 (>= 1.0.21)

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: perl (>= 5.40.0-6)

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: perlapi-5.40.0

  pakiet wirtualny udostępniany przez perl-base

Pobieranie libfreecontact-perl

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
arm64	0.08-9+b5	60,5 KiB	225,0 KiB	[lista plików]