Pakiet: ssake (4.0.1-2)

[ Pakiet źródłowy: ssake  ]

Aplikacja genomiczna do łączenia milionów bardzo krótkich sekwencji DNA

SSAKE (Short Sequence Assembly by K-mer search and 3' read Extension) jest aplikacją genomiczną, służącą do agresywnego łączenia milionów krótkich sekwencji nukleotydowych poprzez progresywne wyszukiwanie 3 najbardziej optymalnych podciągów o długości k przy użyciu prefiksowego drzewa DNA. SSAKE został zaprojektowany do wykorzystywania informacji z krótkich odczytów sekwencji poprzez ścisłe grupowanie ich w kontigach, które mogą być użyte do opisywania nowych celów sekwencjonowania.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Zaimplementowane w: Perl, implemented-in::python, interface::commandline, Interfejs użytkownika: Powłoka, Rola: role::program, scope::utility, Przeznaczenie: Analizowanie

Inne pakiety związane z ssake

• dep: libperl4-corelibs-perl

  libraries historically supplied with Perl 4

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• sug: ssake-examples

  Dane przykładowe do SSAKE, genomicznego asemblera krótkich odczytów

Pobieranie ssake

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	47,6 KiB	215,0 KiB	[lista plików]