Pakiet: skewer (0.2.2-6) [debports]

[ Pakiet źródłowy:  ]

post-processing of high-throughput DNA sequence reads

skewer implements the bit-masked k-difference matching algorithm dedicated to the task of adapter trimming and it is specially designed for processing next-generation sequencing (NGS) paired-end sequences.

Features

 * Detection and removal of adapter sequences
 * Insertion and deletion allowed in pattern matching
 * Targeted at Single End, Paired End (PE), and Long Mate Pair (LMP) reads
 * Demultiplexing of barcoded sequencing runs
 * Multi-threading support
 * Trimming based on phred quality scores
 * IUPAC characters for barcodes and adapters
 * Compressed input and output support

Inne pakiety związane z skewer

• dep: libc6 (>= 2.32)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

Pobieranie skewer

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
sh4 (port nieoficjalny)	98,1 KiB	190,0 KiB	[lista plików]