Pakiet: hisat2 (2.2.1-5)

[ Pakiet źródłowy: hisat2  ]

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes (as well as against a single reference genome). Based on an extension of BWT for graphs a graph FM index (GFM) was designed and implementd. In addition to using one global GFM index that represents a population of human genomes, HISAT2 uses a large set of small GFM indexes that collectively cover the whole genome (each index representing a genomic region of 56 Kbp, with 55,000 indexes needed to cover the human population). These small indexes (called local indexes), combined with several alignment strategies, enable rapid and accurate alignment of sequencing reads. This new indexing scheme is called a Hierarchical Graph FM index (HGFM).

Inne pakiety związane z hisat2

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• rec: bcftools

  Wywoływanie wariantów genomowych oraz zarządzanie plikami VCF i BCF

• rec: python3-hisat2

  Python scripts accompanying hisat2

• rec: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

Pobieranie hisat2

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
riscv64	3 776,5 KiB	12 706,0 KiB	[lista plików]