Pakiet: repeatmasker-recon (1.08-8) [debports]

[ Pakiet źródłowy:  ]

finds repeat families from biological sequences

The RECON package implements a de novo algorithm for the identification of repeat families from biological sequences.

The program implements an approach for the de novo identification and classification of repeat sequence families that is based on extensions to the usual approach of single linkage clustering of local pairwise alignments between genomic sequences. The extensions use multiple alignment information to define the boundaries of individual copies of the repeats and to distinguish homologous but distinct repeat element families. When tested on the human genome, this approach was able to properly identify and group known transposable elements. The program, should be useful for first-pass automatic classification of repeats in newly sequenced genomes.

Inne pakiety związane z repeatmasker-recon

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

Pobieranie repeatmasker-recon

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
ppc64 (port nieoficjalny)	85,4 KiB	656,0 KiB	[lista plików]