Pakiet: mapsembler2 (2.2.3+dfsg-1) [debports]
Odnośniki dla mapsembler2
Zasoby systemu Debian:
Pobieranie pakietu źródłowego :
Nie znalezionoOpiekunowie:
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [colibread.inria.fr]
Podobne pakiety:
bioinformatics targeted assembly software
Mapsembler2 is a targeted assembly software. It takes as input a set of NGS raw reads (fasta or fastq, gzipped or not) and a set of input sequences (starters).
It first determines if each starter is read-coherent, e.g. whether reads confirm the presence of each starter in the original sequence. Then for each read-coherent starter, Mapsembler2 outputs its sequence neighborhood as a linear sequence or as a graph, depending on the user choice.
Mapsembler2 may be used for (not limited to):
- Validate an assembled sequence (input as starter), e.g. from a de Bruijn graph assembly where read-coherence was not enforced. - Checks if a gene (input as starter) has an homolog in a set of reads - Checks if a known enzyme is present in a metagenomic NGS read set. - Enrich unmappable reads by extending them, possibly making them mappable - Checks what happens at the extremities of a contig - Remove contaminants or symbiont reads from a read set
Inne pakiety związane z mapsembler2
|
|
|
|
-
- dep: bc
- GNU bc - język kalkulatora z dowolną precyzją
-
- dep: libc6 (>= 2.8)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1)
- Pakiet niedostępny
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libhdf5-8
- Pakiet niedostępny
-
- dep: libstdc++6 (>= 4.9)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)
- Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze
Pobieranie mapsembler2
Architektura | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
---|---|---|---|
ppc64 (port nieoficjalny) | 228,6 KiB | 928,0 KiB | [lista plików] |