Pakiet: kleborate (2.4.1-3) [debports]

Odnośniki dla kleborate

Zasoby systemu Debian:

Raporty o błędach

Pobieranie pakietu źródłowego :

Nie znaleziono

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

tool to screen Klebsiella genome assemblies

Kleborate is a tool to screen Klebsiella genome assemblies for:

 * MLST sequence type
 * species (e.g. K. pneumoniae, K. quasipneumoniae, K. variicola, etc.)
 * ICEKp associated virulence loci: yersiniabactin (ybt),
   colibactin (clb)
 * virulence plasmid associated loci: salmochelin (iro), aerobactin
   (iuc), hypermucoidy (rmpA, rmpA2)
 * antimicrobial resistance genes, including quinolone resistance SNPs
   and colistin resistance truncations
 * K (capsule) and O antigen (LPS) serotype prediction, via wzi alleles
   and Kaptive

Inne pakiety związane z kleborate

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: kaptive

obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies
dep: kaptive-data

reference data for kaptive for Klebsiella genome assemblies
dep: mash

fast genome and metagenome distance estimation using MinHash
dep: ncbi-blast+

next generation suite of BLAST sequence search tools
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
dep: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics

Pobieranie kleborate

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
ppc64 (port nieoficjalny)	7 555,3 KiB	62 001,0 KiB	[lista plików]