Pakiet: pbdagcon (0.3+git20180411.c14c422+dfsg-9 i inne)

[ Pakiet źródłowy: pbdagcon  ]

sequence consensus using directed acyclic graphs

pbdagcon is a tool that implements DAGCon (Directed Acyclic Graph Consensus) which is a sequence consensus algorithm based on using directed acyclic graphs to encode multiple sequence alignment.

It uses the alignment information from blasr to align sequence reads to a "backbone" sequence. Based on the underlying alignment directed acyclic graph (DAG), it will be able to use the new information from the reads to find the discrepancies between the reads and the "backbone" sequences. A dynamic programming process is then applied to the DAG to find the optimum sequence of bases as the consensus. The new consensus can be used as a new backbone sequence to iteratively improve the consensus quality.

While the code is developed for processing PacBio(TM) raw sequence data, the algorithm can be used for general consensus purpose. Currently, it only takes FASTA input. For shorter read sequences, one might need to adjust the blasr alignment parameters to get the alignment string properly.

The code and the underlying graphical data structure have been used for some algorithm development prototyping including phasing reads and pre-assembly.

Inne pakiety związane z pbdagcon

• dep: libblasr [x32]

  tools for aligning PacBio reads to target sequences

• dep: libblasr5.3.5 (>= 5.3.5+dfsg) [nie m68k, sh4, x32]

  tools for aligning PacBio reads to target sequences

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.28) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, loong64, ppc64el]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [x32]

  Pakiet niedostępny

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Pakiet niedostępny

• dep: libhdf5-103 [m68k, sh4]

  HDF5 C runtime files - serial version (transitional package)

• dep: libhdf5-cpp-103 (>= 1.8.13) [m68k, sh4]

  HDF5 - C++ runtime files - serial version (transitional package)

• dep: libhts2 (>= 1.0) [m68k, sh4]

  Pakiet niedostępny

• dep: libpbbam0.23.0 (>= 0.23.0+dfsg) [m68k, sh4]

  Pakiet niedostępny

• dep: libpbbam2.1.0 (>= 2.1.0+dfsg) [ia64]

  Pacific Biosciences binary alignment/map (BAM) library

• dep: libpbbam2.4.0 (>= 2.4.0+dfsg) [nie ia64, m68k, sh4, x32]

  Pacific Biosciences binary alignment/map (BAM) library

• dep: libpbdata [x32]

  tools for handling PacBio sequences

• dep: libpbseq [m68k, sh4]

  library for analyzing PacBio sequencing data

  dep: libpbseq (>= 5.3.5+dfsg-4~) [nie m68k, sh4, x32]

• dep: libstdc++6 (>= 12) [ia64]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie ia64, m68k, sh4, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 6) [m68k, sh4, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [m68k, sh4]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• sug: blasr

  mapping single-molecule sequencing reads

Pobieranie pbdagcon

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-9	330,0 KiB	1 462,0 KiB	[lista plików]
amd64	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-9	356,0 KiB	1 330,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-9	319,1 KiB	1 330,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-8	425,3 KiB	2 622,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-9	334,7 KiB	1 314,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0.3+git20161121.0000000+ds-1.1+b1	251,6 KiB	989,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-9	318,0 KiB	1 582,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-9	357,5 KiB	1 586,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.3+git20180411.c14c422+dfsg-9	340,2 KiB	1 030,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	0.3+git20161121.0000000+ds-1.1+b1	301,0 KiB	905,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0~20160325+ds-1	188,4 KiB	500,0 KiB	[lista plików]