Pakiet: vienna-rna (2.6.4+dfsg-1) [non-free]
Odnośniki dla vienna-rna
Zasoby systemu Debian:
- Raporty o błędach
- Developer Information
- Dziennik zmian w systemie Debian
- Informacje nt. praw autorskich
- Śledzenie łatek systemu Debian
Pobieranie pakietu źródłowego vienna-rna:
- [vienna-rna_2.6.4+dfsg-1.dsc]
- [vienna-rna_2.6.4+dfsg.orig.tar.xz]
- [vienna-rna_2.6.4+dfsg-1.debian.tar.xz]
Opiekunowie:
- Debian Med Packaging Team (Strona QA, Archiwum e-mail)
- Olivier Sallou (Strona QA)
- Steffen Moeller (Strona QA)
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [www.tbi.univie.ac.at]
Podobne pakiety:
RNA sequence analysis
The Vienna RNA Package consists of a C code library and several stand-alone programs for the prediction and comparison of RNA secondary structures. It is developed and maintained by the group of Ivo Hofacker in Vienna.
RNA secondary structure prediction through energy minimization is the most used function in the package. It provides three kinds of dynamic programming algorithms for structure prediction:
* the minimum free energy algorithm of (Zuker & Stiegler 1981) which yields a single optimal structure, * the partition function algorithm of (McCaskill 1990) which calculates base pair probabilities in the thermodynamic ensemble, and the suboptimal folding algorithm of (Wuchty et.al 1999) which generates all suboptimal structures within a given energy range of the optimal energy.
For secondary structure comparison, the package contains several measures of distance (dissimilarities) using either string alignment or tree-editing (Shapiro & Zhang 1990). Finally, is provided an algorithm to design sequences with a predefined structure (inverse folding). The RNAforester package is a tool for aligning RNA secondary structures and it's user interface integrates to those of the tools of the Vienna RNA package.
Inne pakiety związane z vienna-rna
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.38)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libdlib19.2 (>= 19.24.4+dfsg)
- C++ toolkit for machine learning and computer vision - library
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- Biblioteka wspomagająca GCC
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)
- GNU Scientific Library (GSL) -- library package
-
- dep: libgslcblas0 (>= 2.8)
- GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package
-
- dep: liblapack3
- Library of linear algebra routines 3 - shared version
- lub liblapack.so.3
- pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
-
- dep: libmpfr6 (>= 3.1.3)
- Obliczenia zmiennoprzecinkowe wysokiej precyzji
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- rec: readseq
- Konwersja między różnymi formatami sekwencji białek
Pobieranie vienna-rna
Architektura | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
---|---|---|---|
mips64el | 3 434,3 KiB | 110 367,0 KiB | [lista plików] |