Pakiet: mummer (3.23+dfsg-8)

[ Pakiet źródłowy: mummer  ]

Efficient sequence alignment of full genomes

MUMmer is a system for rapidly aligning entire genomes, whether in complete or draft form. For example, MUMmer 3.0 can find all 20-basepair or longer exact matches between a pair of 5-megabase genomes in 13.7 seconds, using 78 MB of memory, on a 2.4 GHz Linux desktop computer. MUMmer can also align incomplete genomes; it handles the 100s or 1000s of contigs from a shotgun sequencing project with ease, and will align them to another set of contigs or a genome using the NUCmer program included with the system. If the species are too divergent for DNA sequence alignment to detect similarity, then the PROmer program can generate alignments based upon the six-frame translations of both input sequences.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c++, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: Narzędzie, Przeznaczenie: use::comparing, works-with-format::TODO, Obsługa formatu: Czysty tekst, Działa z: Wymaga dodatkowego znacznika

Inne pakiety związane z mummer

• dep: gawk

  GNU awk, język wyszukiwania i obróbki wzorców tekstu

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

Pobieranie mummer

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
mips64el	651,6 KiB	4 009,0 KiB	[lista plików]