Pakiet: stringtie (2.2.1+ds-3 i inne) [debports]

[ Pakiet źródłowy:  ]

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Inne pakiety związane z stringtie

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• rec: stringtie-examples

  Pakiet niedostępny

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Pobieranie stringtie

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
ia64 (port nieoficjalny)	2.2.1+ds-3+b1	504,8 KiB	2 359,0 KiB	[lista plików]