Pakiet: tiddit (3.6.1+dfsg-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Inne pakiety związane z tiddit

• dep: libc6 (>= 2.4)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.14)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy

  Szybkie zarządzanie tablicami w języku Python (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Pobieranie tiddit

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
i386	3.6.1+dfsg-1+b3	417,0 KiB	2 544,0 KiB	[lista plików]