Pakiet: tabix (1.20+ds-2)

[ Pakiet źródłowy: htslib  ]

Narzędzie do indeksowania plików z tabulacjami rozdzielającymi pozycje genomu

Tabix indeksuje pliki, w których kolejność współrzędnych jest wskazywana przez niektóre kolumny, takie jak: name (zwykle z nazwą chromosomu), start i stop. Plik z danymi wejściowymi powinien być posortowany pod kątem pozycji (genomów) oraz skompresowany przy użyciu programu bgzip (dostarczonego w tym pakiecie), oferującego interfejs podobny do gzip. Po wykonaniu operacji indeksowania, Tabix może szybko wyszukiwać linie danych według współrzędnych chromosomalnych. Szybkie wyszukiwanie danych działa także za pośrednictwem sieci, jeśli URI jest podany jako nazwa pliku.

Do budowy pakietu wykorzystano kod źródłowy HTSlib. Pakiet zawiera następujące narzędzia: bgzip, htsfile i tabix.

Znaczniki: Zaimplementowane w: C, Rola: Program, Nauka: science::calculation, use::calculating, Obsługa formatu: HTML - Hypertext Markup Language, Działa z: Tekst

Inne pakiety związane z tabix

• dep: libbz2-1.0

  Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libdeflate0 (>= 1.0)

  Szybka kompresja i dekompresja oparta na całym buforze DEFLATE

• dep: libhtscodecs2 (>= 1.3.0)

  Custom compression for CRAM and others

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  Biblioteka do kompresji w formacie XZ

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie tabix

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
armel	405,0 KiB	2 058,0 KiB	[lista plików]