Pakiet: prokka (1.14.6+dfsg-6)

[ Pakiet źródłowy: prokka  ]

Szybka adnotacja genomów prokariotycznych

Typowy genom o wielkości 4 Mbp można w pełni opisać w czasie krótszym niż 10 minut na komputerze z czterordzeniowym procesorem oraz można go łatwo skalować do 32-rdzeniowych systemów SMP. Tworzy pliki GFF3, GBK i SQN, które są gotowe do edycji w Sequin, a później przedłożenia do Genbank/DDJB/ENA.

Inne pakiety związane z prokka

• dep: aragorn

  tRNA and tmRNA detection in nucleotide sequences

• dep: default-jre

  Standardowe lub kompatybilne środowisko uruchomieniowe Javy

• dep: hmmer

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

• dep: infernal

  Wyrównywanie drugorzędowej struktury RNA

• dep: less

  Program do stronicowania plików, podobny do more

• dep: libbio-perl-perl

  BioPerl core perl modules

• dep: libbio-searchio-hmmer-perl

  perl parser for HMMER2 and HMMER3 output (hmmscan, hmmsearch, hmmpfam)

• dep: libswiss-perl

  Perl API to the UniProt database

• dep: libxml-simple-perl

  Perl module for reading and writing XML

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: ncbi-tools-bin

  Biblioteki NCBI do zastosowań biologicznych - narzędzia z interfejsem tekstowym

• dep: parallel

  build and execute command lines from standard input in parallel

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: prodigal

  Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

Pobieranie prokka

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	14 855,6 KiB	106 501,0 KiB	[lista plików]