Pakiet: plasmidid (1.6.5+dfsg-2)

[ Pakiet źródłowy: plasmidid  ]

mapping-based, assembly-assisted plasmid identification tool

PlasmidID is a mapping-based, assembly-assisted plasmid identification tool that analyzes and gives graphic solution for plasmid identification.

PlasmidID is a computational pipeline that maps Illumina reads over plasmid database sequences. The k-mer filtered, most covered sequences are clustered by identity to avoid redundancy and the longest are used as scaffold for plasmid reconstruction. Reads are assembled and annotated by automatic and specific annotation. All information generated from mapping, assembly, annotation and local alignment analyses is gathered and accurately represented in a circular image which allow user to determine plasmidic composition in any bacterial sample.

Inne pakiety związane z plasmidid

• dep: bedtools

  suite of utilities for comparing genomic features

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: cd-hit

  Pakiet programów przeznaczonych do szybkiego grupowania sekwencji

• dep: circos

  Ploter do wizualizacji danych

• dep: mash

  fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: prokka

  Szybka adnotacja genomów prokariotycznych

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-numpy

  Szybkie zarządzanie tablicami w języku Python (Python 3)

• rec: python3-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

• rec: spades

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

• rec: trimmomatic

  flexible read trimming tool for Illumina NGS data

Pobieranie plasmidid

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	46,1 KiB	331,0 KiB	[lista plików]