Pakiet: grabix (0.1.7-4) [debports]

[ Pakiet źródłowy:  ]

wee tool for random access into BGZF files

In biomedical research it is increasing practice to study the genetic basis of disease. This now frequently comprises the sequencing of human sequences. The output of the machine however is redundant, and the real sequence is the best sequence to explain the redundancy. The exchange of data happens only with compressed files - to huge and redundant to perform otherwise. One should avoid uncompression whenever possible.

grabix leverages the fantastic BGZF library of the samtools package to provide random access into text files that have been compressed with bgzip. grabix creates it's own index (.gbi) of the bgzipped file. Once indexed, one can extract arbitrary lines from the file with the grab command. Or choose random lines with the, well, random command.

Inne pakiety związane z grabix

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: tabix

  Narzędzie do indeksowania plików z tabulacjami rozdzielającymi pozycje genomu

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie grabix

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	15,0 KiB	92,0 KiB	[lista plików]