Pakiet: concavity (0.1+dfsg.1-5) [debports]

[ Pakiet źródłowy:  ]

predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation

ConCavity predicts protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure.

ConCavity takes as input a PDB format protein structure and optionally files that characterize the evolutionary sequence conservation of the chains in the structure file.

The following result files are produced by default:

 * Residue ligand binding predictions for each chain (*.scores).
 * Residue ligand binding predictions in a PDB format file (residue
   scores placed in the temp. factor field, *_residue.pdb).
 * Pocket prediction locations in a DX format file (*.dx).
 * PyMOL script to visualize the predictions (*.pml).

Inne pakiety związane z concavity

• dep: libc6.1 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• sug: conservation-code

  protein sequence conservation scoring tool

• sug: pymol

  Molekularny system graficzny

Pobieranie concavity

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	237,3 KiB	1 051,0 KiB	[lista plików]