Pakiet: cnvkit (0.9.10-2)

[ Pakiet źródłowy: cnvkit  ]

Copy number variant detection from targeted DNA sequencing

A command-line toolkit and Python library for detecting copy number variants and alterations genome-wide from targeted DNA sequencing. It is designed for use with hybrid capture, including both whole-exome and custom target panels, and short-read sequencing platforms such as Illumina and Ion Torrent.

Inne pakiety związane z cnvkit

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-matplotlib

  System do rysowania wykresów oparty na Pythonie w stylu podobnym do Matlaba

• dep: python3-numpy

  Szybkie zarządzanie tablicami w języku Python (Python 3)

• dep: python3-pandas

  data structures for "relational" or "labeled" data

• dep: python3-pomegranate

  Fast, flexible and easy to use probabilistic modelling

• dep: python3-pyfaidx

  efficient random access to fasta subsequences for Python 3

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-reportlab

  ReportLab library to create PDF documents using Python3

• dep: python3-scipy

  Narzędzia naukowe dla Pythona 3

• dep: python3-sklearn

  Python modules for machine learning and data mining - Python 3

• dep: r-bioc-dnacopy

  R package: DNA copy number data analysis

Pobieranie cnvkit

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	19 044,6 KiB	94 731,0 KiB	[lista plików]