Pakiet: r-bioc-scater (1.34.0+ds-1)

[ Pakiet źródłowy: r-bioc-scater  ]

Pakiet eksperymentalny

Ostrzeżenie: Pakiet pochodzi z dystrybucji eksperymentalnej. Oznacza to, że prawdopodobnie jest niestabilny lub zawiera błędy i może spowodować nawet utratę danych. Przed użyciem pakietu proszę koniecznie zapoznać się z dziennikiem zmian i inną dostępną dokumentacją.

Single-Cell Analysis Toolkit for Gene Expression Data in R

A collection of tools for doing various analyses of single-cell RNA-seq gene expression data, with a focus on quality control and visualization.

Inne pakiety związane z r-bioc-scater

• dep: r-api-4.0

  Pakiet niedostępny

• dep: r-api-bioc-3.20

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-beachmat

  I/O for several formats storing matrix data

• dep: r-bioc-biocgenerics

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocneighbors

  Nearest Neighbor Detection for Bioconductor Packages

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biocsingular

  Singular Value Decomposition for Bioconductor Packages

• dep: r-bioc-delayedarray

  BioConductor delayed operations on array-like objects

• dep: r-bioc-matrixgenerics

  S4 Generic Summary Statistic Functions that Operate on Matrix-Like Objects

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-scuttle

  BioConductor single-cell RNA-Seq analysis utilities

• dep: r-bioc-singlecellexperiment

  S4 Classes for Single Cell Data

• dep: r-bioc-sparsearray

  efficient in-memory representation of multidimensional sparse arrays

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-ggbeeswarm

  GNU R categorical scatter (violin point) plots

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-ggrastr

  Bioconductor rasterize layers for 'ggplot2'

• dep: r-cran-ggrepel

  auto-position non-overlapping text labels in plots

• dep: r-cran-matrix

  GNU R package of classes for dense and sparse matrices

• dep: r-cran-pheatmap

  Pakiet GNU R do tworzenia ładnych map cieplnych

• dep: r-cran-rcolorbrewer

  GNU R package providing suitable color palettes

• dep: r-cran-rcppml

  GNU R Rcpp Machine Learning Library

• dep: r-cran-rlang

  Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features

• dep: r-cran-rtsne

  GNU R T-Distributed Stochastic Neighbor Embedding using a Barnes-Hut

• dep: r-cran-uwot

  GNU R uniform manifold approximation and projection (UMAP)

• dep: r-cran-viridis

  GNU R package for color maps from matplotlib

• sug: r-bioc-biobase

  base functions for Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-biomart

  GNU R Interface to BioMart databases (Ensembl, COSMIC, Wormbase and Gramene)

• sug: r-bioc-delayedmatrixstats

  Functions on Rows and Columns of 'DelayedMatrix' Objects

• sug: r-bioc-densvis

  density-preserving data visualization via non-linear dimensionality reduction

• sug: r-bioc-scrnaseq

  Collection of Public Single-Cell RNA-Seq Datasets

• sug: r-cran-cowplot

  GNU R streamlined plot theme and plot annotations for 'ggplot2'

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-robustbase

  GNU R package providing basic robust statistics

• sug: r-cran-scattermore

  GNU R scatterplots with more points

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Pobieranie r-bioc-scater

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	540,2 KiB	667,0 KiB	[lista plików]