Pakiet: reapr (1.0.18+dfsg-4)

[ Pakiet źródłowy: reapr  ]

universal tool for genome assembly evaluation

REAPR is a tool that evaluates the accuracy of a genome assembly using mapped paired end reads, without the use of a reference genome for comparison. It can be used in any stage of an assembly pipeline to automatically break incorrect scaffolds and flag other errors in an assembly for manual inspection. It reports mis-assemblies and other warnings, and produces a new broken assembly based on the error calls.

The software requires as input an assembly in FASTA format and paired reads mapped to the assembly in a BAM file. Mapping information such as the fragment coverage and insert size distribution is analysed to locate mis-assemblies. REAPR works best using mapped read pairs from a large insert library (at least 1000bp). Additionally, if a short insert Illumina library is also available, REAPR can combine this with the large insert library in order to score each base of the assembly.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, works-with::biological-sequence

Inne pakiety związane z reapr

• dep: bamtools

  toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libbamtools2.5.1

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf]

• dep: libfile-copy-link-perl

  Perl extension for replacing a link by a copy of the linked file

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [nie armhf]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libtabixpp0

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: r-base

  System GNU R do obliczeń statystycznych i prezentacji danych w formie graficznej

• dep: samtools (>= 1.3)

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• dep: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• dep: snpomatic

  fast, stringent short-read mapping software

• dep: tabix

  Narzędzie do indeksowania plików z tabulacjami rozdzielającymi pozycje genomu

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie reapr

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	198,5 KiB	1 061,0 KiB	[lista plików]
arm64	180,3 KiB	925,0 KiB	[lista plików]
armhf	167,6 KiB	639,0 KiB	[lista plików]