Pakiet: mapsembler2 (2.2.4+dfsg-3 i inne)

[ Pakiet źródłowy: mapsembler2  ]

bioinformatics targeted assembly software

Mapsembler2 is a targeted assembly software. It takes as input a set of NGS raw reads (fasta or fastq, gzipped or not) and a set of input sequences (starters).

It first determines if each starter is read-coherent, e.g. whether reads confirm the presence of each starter in the original sequence. Then for each read-coherent starter, Mapsembler2 outputs its sequence neighborhood as a linear sequence or as a graph, depending on the user choice.

Mapsembler2 may be used for (not limited to):

 - Validate an assembled sequence (input as starter), e.g. from a de
   Bruijn graph assembly where read-coherence was not enforced.
 - Checks if a gene (input as starter) has an homolog in a set of reads
 - Checks if a known enzyme is present in a metagenomic NGS read set.
 - Enrich unmappable reads by extending them, possibly making them mappable
 - Checks what happens at the extremities of a contig
 - Remove contaminants or symbiont reads from a read set

Inne pakiety związane z mapsembler2

• dep: bc

  GNU bc - język kalkulatora z dowolną precyzją

• dep: libc6 (>= 2.27)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103

  Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - pliki uruchomieniowe - wydanie szeregowe

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie mapsembler2

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	2.2.4+dfsg-3+b1	242,5 KiB	787,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.2.4+dfsg-3+b1	223,8 KiB	739,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.2.4+dfsg-3+b1	204,8 KiB	484,0 KiB	[lista plików]
i386	2.2.4+dfsg-3+b1	258,4 KiB	780,0 KiB	[lista plików]