Pakiet: python-pbalign (0.3.2-1)

[ Pakiet źródłowy: pbalign  ]

map Pacific Biosciences reads to reference DNA sequences (Python2)

pbalign aligns PacBio reads to reference sequences, filters aligned reads according to user-specific filtering criteria, and converts the output to either the SAM format or PacBio Compare HDF5 (e.g., .cmp.h5) format.

pbalign is part of the SMRTAnalysis suite. This package provides the Python library backend.

Inne pakiety związane z python-pbalign

• dep: blasr (>= 5.3+0)

  mapping single-molecule sequencing reads

• dep: python

  Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

• dep: python-pbcommand

  common command-line interface for Pacific Biosciences analysis modules

• dep: python-pbcore

  Python 2 library for processing PacBio data files

• dep: python-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 2)

• rec: hdf5-tools

  Hierarchiczny Format Danych (HDF5) - narzędzia uruchomieniowe

• rec: python-pbh5tools

  tools for manipulating Pacific Biosciences HDF5 files -- Python 2 library

• sug: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• sug: gmap

  Dopasowanie splicingowe i tolerancyjne SNP dla mRNA i krótkich odczytów

• sug: pbalign-doc

  documentation for pbalign

Pobieranie python-pbalign

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	36,5 KiB	224,0 KiB	[lista plików]