Pakiet: libjellyfish-perl (2.2.10-2)

[ Pakiet źródłowy: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences (Perl bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Perl bindings of jellyfish.

Znaczniki: Rozwój oprogramowania: Rozwijanie w języku Perl, Biblioteki, Zaimplementowane w: implemented-in::c, implemented-in::perl, Rola: Biblioteka deweloperska

Inne pakiety związane z libjellyfish-perl

• dep: libc6 (>= 2.14)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libjellyfish-2.0-2

  count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)

• dep: perl (>= 5.28.1-3)

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: perlapi-5.28.1

  pakiet wirtualny udostępniany przez perl-base

Pobieranie libjellyfish-perl

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	55,3 KiB	176,0 KiB	[lista plików]