Pakiet: python3-freecontact (1.1-5 i inne)

[ Pakiet źródłowy: python-freecontact  ]

fast protein contact predictor - binding for Python3

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the Python3 binding.

Inne pakiety związane z python3-freecontact

• dep: libboost-python1.74.0 (>= 1.74.0)

  Boost.Python Library

• dep: libboost-python1.74.0-py39

  pakiet wirtualny udostępniany przez libboost-python1.74.0

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [nie amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libfreecontact0v5 (>= 1.0.21)

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3 (<< 3.10)

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (>= 3.9~)

Pobieranie python3-freecontact

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1.1-5+b7	71,8 KiB	252,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.1-5+b7	69,5 KiB	244,0 KiB	[lista plików]
armel	1.1-5+b7	67,8 KiB	235,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.1-5+b7	67,8 KiB	219,0 KiB	[lista plików]
i386	1.1-5+b7	73,5 KiB	247,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.1-5+b7	69,7 KiB	266,0 KiB	[lista plików]
mipsel	1.1-5+b7	69,4 KiB	256,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.1-5+b7	73,1 KiB	272,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.1-5+b7	69,5 KiB	252,0 KiB	[lista plików]