Pakiet: murasaki-mpi (1.68.6-12)

[ Pakiet źródłowy: murasaki  ]

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package provides the MPI-enabled binary for murasaki. While this will speed up operation on multi-processor machines it will slow down on a single processor.

Inne pakiety związane z murasaki-mpi

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  Biblioteka Boost.Iostreams

• dep: libboost-regex1.74.0-icu67

  pakiet wirtualny udostępniany przez libboost-regex1.74.0

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libopenmpi3 (>= 4.1.0)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: murasaki-common

  homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Pobieranie murasaki-mpi

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
mipsel	583,0 KiB	4 406,0 KiB	[lista plików]