Pakiet: t-coffee (13.41.0.28bdc39+dfsg-4)

[ Pakiet źródłowy: t-coffee  ]

Wielosekwencyjne wyrównanie

T-Coffee jest pakietem do wielosekwencyjnego wyrównania. Generuje wiele sekwencji wyrównania z zestawu sekwencji białka lub DNA.

T-Coffee pozwala na kombinację zbiorów złożonych z wielu par, globalne lub lokalne wyrównania w pojedynczym modelu. Umożliwia także oszacowywanie poziomu spójności każdej pozycji w nowym wyrównaniu z resztą wyrównań. Aby uzyskać więcej informacji, należy zapoznać się z przedrukami dokumentacji.

T-Coffee zawiera specjalny dodatek o nazwie M-Coffee, który umożliwia połączenie danych wyjściowych z wielu pakietów wielosekwencyjnych wyrównań. W opublikowanej wersji używa: MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA i T-Coffee. Specjalna wersja stworzona do Debiana, DM-Coffee, korzysta tylko z wolnego oprogramowania, zastępując Clustal W przez Kalign. Korzystanie z tych 8 metod z M-Coffee może być nieco trudne. Można również używać ulubionego podzbioru metod.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: Narzędzie, Przeznaczenie: use::analysing, use::comparing, Obsługa formatu: Wymaga dodatkowego znacznika, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Inne pakiety związane z t-coffee

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• rec: amap-align

  Wielokrotne wyrównywanie białek poprzez sekwencyjne wyżarzanie

• rec: clustalo

  General-purpose multiple sequence alignment program for proteins

• rec: clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

• rec: dialign-tx

  Segment-based multiple sequence alignment

• rec: fsa

  Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences

• rec: kalign

  Globalne i progresywne dopasowywanie wielu sekwencji

• rec: libsoap-lite-perl

  Perl implementation of a SOAP client and server

• rec: libxml-simple-perl

  Perl module for reading and writing XML

• rec: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• rec: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• rec: mustang

  Wielokrotne strukturalne dopasowanie białek

• rec: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• rec: poa

  Partial Order Alignment for multiple sequence alignment

• rec: prank

  Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

• rec: probcons

  PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment

• rec: proda

  Wielokrotne wyrównywanie sekwencji białkowych

• rec: tm-align

  Strukturalne dopasowywanie białek

• sug: boxshade

  Pretty-printing of multiple sequence alignments

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

• sug: t-coffee-examples

  Przykłady z komentarzami dotyczące użycia T-Coffee

Pobieranie t-coffee

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
mips64el	950,4 KiB	3 335,0 KiB	[lista plików]