Pakiet: stacks (2.55+dfsg-1)

[ Pakiet źródłowy: stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Inne pakiety związane z stacks

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Interfejs bazodanowy Perl (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
  również pakiet wirtualny udostępniany przez r-cran-littler

• rec: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Pobieranie stacks

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
i386	1 112,2 KiB	5 680,0 KiB	[lista plików]