Pakiet: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-8 i inne) [non-free]

[ Pakiet źródłowy: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rola: Program, Działa z: Sekwencje biologiczne

Inne pakiety związane z cufflinks

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  serialization library for C++

• dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: gffread

  Konwertowanie formatu GFF/GTF, filtrowanie regionów, ekstrakcja sekwencji FASTA

• enh: tophat

  Pakiet niedostępny

Pobieranie cufflinks

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
i386	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1 522,5 KiB	10 603,0 KiB	[lista plików]