Pakiet: fastahack (1.0.0+dfsg-7)

[ Pakiet źródłowy: libfastahack  ]

Narzędzie do indeksowania i wyodrębniania sekwencji z plików FASTA

Fastahack to mały program do indeksowania oraz wyodrębniania sekwencji i podsekwencji z plików FASTA. Dołączona biblioteka Fasta.cpp dostarcza czytnik i indeksator FASTA, nadający się do osadzania w aplikacjach, które mogą skorzystać na bezpośrednim odczytywaniu podsekwencji z plików FASTA. Biblioteka ta automatycznie obsługuje generowanie i używanie plików indeksowych.

Właściwości:

 * generowanie indeksu FASTA (.fai) dla plików FASTA;
 * ekstrakcja sekwencji;
 * ekstrakcja podsekwencji;
 * statystyka sekwencji (obecnie dostępna jest tylko entropia).

Ekstrakcja sekwencji i podsekwencji wykorzystuje fseek64, aby zapewnić najszybszą możliwą ekstrakcję bez operacji ładowania plików intensywnie obciążających pamięć RAM. Z tego powodu fasthack jest użytecznym narzędziem dla bioinformatyków, którzy potrzebują szybko wyodrębnić wiele podsekwencji z referencyjnej sekwencji FASTA.

Inne pakiety związane z fastahack

• dep: libc6 (>= 2.14)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f)

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

Pobieranie fastahack

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	12,1 KiB	40,0 KiB	[lista plików]