Pakiet: alien-hunter (1.7-10)

[ Pakiet źródłowy: alien-hunter  ]

Interpolated Variable Order Motifs to identify horizontally acquired DNA

Alien_hunter is an application for the prediction of putative Horizontal Gene Transfer (HGT) events with the implementation of Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs). An IVOM approach exploits compositional biases using variable order motif distributions and captures more reliably the local composition of a sequence compared to fixed-order methods. Optionally the predictions can be parsed into a 2-state 2nd order Hidden Markov Model (HMM), in a change-point detection framework, to optimize the localization of the boundaries of the predicted regions. The predictions (embl format) can be automatically loaded into Artemis genome viewer freely available at: http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Biologia strukturalna, Zaimplementowane w: implemented-in::java, implemented-in::perl, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, scope::utility, Przeznaczenie: Analizowanie

Inne pakiety związane z alien-hunter

• dep: libbiojava-java (>= 1:1.9.5+dfsg)

  Java API to biological data and applications (default version)

• dep: libbytecode-java

  Java bytecode manipulation library

• dep: libcommons-cli-java

  Command line arguments and options parsing library

• dep: libcommons-collections3-java

  Apache Commons Collections - Extended Collections API for Java

• dep: libcommons-dbcp-java

  Database Connection Pooling Services

• dep: libcommons-pool-java

  pooling implementation for Java objects

• sug: bioperl

  Narzędzia do obliczeniowej biologii molekularnej, oparte na Perlu

Pobieranie alien-hunter

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	27,8 KiB	113,0 KiB	[lista plików]