Pakiet: pirs (2.0.2+dfsg-11)

[ Pakiet źródłowy: pirs  ]

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

The program pIRS can be used for simulating Illumina PE reads, with a series of characters generated by Illumina sequencing platform, such as insert size distribution, sequencing error(substitution, insertion, deletion), quality score and GC content-coverage bias.

The insert size follows a normal distribution, so users should set the mean value and standard deviation. Usually the standard deviation is set as 1/20 of the mean value. The normal distribution by Box-Muller method is simulated.

The program simulates sequencing error, quality score and GC content- coverage bias according to the empirical distribution profile. Some default profiles counted from lots of real sequencing data are provided.

To simulate reads from diploid genome, users should simulate the diploid genome sequence firstly by setting the ratio of heterozygosis SNP, heterozygosis InDel and structure variation.

Inne pakiety związane z pirs

• dep: fonts-liberation

  Fonty o tych samych wymiarach jak Times, Arial i Courier

• dep: gnuplot

  Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: pirs-profiles

  profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie pirs

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
i386	123,2 KiB	405,0 KiB	[lista plików]