パッケージ: gbrowse (2.56+dfsg-12)

[ ソース: gbrowse  ]

GMOD Generic Genome Browser

Generic Genome Browser is a simple but highly configurable web-based genome browser. It is a component of the Generic Model Organism Systems Database project (GMOD). Some of its features:

 * Simultaneous bird's eye and detailed views of the genome;
 * Scroll, zoom, center;
 * Attach arbitrary URLs to any annotation;
 * Order and appearance of tracks are customizable by administrator and
   end-user;
 * Search by annotation ID, name, or comment;
 * Supports third party annotation using GFF formats;
 * Settings persist across sessions;
 * DNA and GFF dumps;
 * Connectivity to different databases, including BioSQL and Chado;
 * Multi-language support;
 * Third-party feature loading;
 * Customizable plug-in architecture (e.g. run BLAST, dump & import many
   formats, find oligonucleotides, design primers, create restriction maps,
   edit features).

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::perl, interface::web, 役割: プログラム, 目的: 解析, use::viewing, web::application, World Wide Web: CGI

その他の gbrowse 関連パッケージ

• dep: apache2

  Apache HTTP サーバ

  または httpd-cgi

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: apache2, lighttpd, merecat, mini-httpd, nginx, tntnet, yaws

• dep: bioperl

  Perl tools for computational molecular biology

• dep: libbio-coordinate-perl

  BioPerl modules for working with biological coordinates

• dep: libbio-db-seqfeature-perl

  Normalized feature for use with Bio::DB::SeqFeature::Store

• dep: libbio-graphics-perl

  Bio::Seq オブジェクトの GD 画像の生成

• dep: libcgi-session-perl

  persistent session data in CGI applications

• dep: libdbd-sqlite3-perl

  Perl DBI driver with a self-contained RDBMS

• dep: libgd-gd2-noxpm-perl

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libgd-perl

  または libgd-gd2-perl

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libgd-perl

• dep: libhttp-daemon-perl

  simple http server class

• dep: libio-string-perl

  IO::File インターフェースをインコア文字列でエミュレート

• dep: libjs-prototype

  JavaScript Framework for dynamic web applications

• dep: libjs-scriptaculous

  JavaScript library for dynamic web applications

• dep: libjson-perl

  module for manipulating JSON-formatted data

• dep: libstatistics-descriptive-perl

  Perl module for basic descriptive statistical functions

• dep: libterm-readkey-perl

  perl module for simple terminal control

• dep: libvm-ec2-perl

  module providing controls on Amazon EC2 and Eucalyptus

• dep: libwww-perl

  world-wide web へのシンプルで一貫性のあるインターフェース

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• dep: sqlite3

  SQLite 3 用コマンドラインインターフェース

• rec: apache2 (>= 2.4.6-4~)

  Apache HTTP サーバ

  または httpd

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: apache2, lighttpd, merecat, micro-httpd, mini-httpd, nginx, tntnet, webfs, yaws

• sug: gbrowse-calign

  CAlign helper

• sug: gbrowse-data

  Sample data to use GBrowse

• sug: libfile-nfslock-perl

  perl module to do NFS (or not) locking

gbrowse のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
all	2,317.7 kB	7,017.0 kB	[ファイル一覧]