パッケージ: smalt (0.7.6-13)

[ ソース: smalt  ]

Sequence Mapping and Alignment Tool

SMALT efficiently aligns DNA sequencing reads with a reference genome. Reads from a wide range of sequencing platforms, for example Illumina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio or ABI-Sanger, can be processed including paired reads.

The software employs a perfect hash index of short words (< 20 nucleotides long), sampled at equidistant steps along the genomic reference sequences.

For each read, potentially matching segments in the reference are identified from seed matches in the index and subsequently aligned with the read using a banded Smith-Waterman algorithm.

The best gapped alignments of each read is reported including a score for the reliability of the best mapping. The user can adjust the trade-off between sensitivity and speed by tuning the length and spacing of the hashed words.

A mode for the detection of split (chimeric) reads is provided. Multi-threaded program execution is supported.

その他の smalt 関連パッケージ

• dep: libbambamc0 (>= 0.0.50)

  Runtime library for reading and writing BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

smalt のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	112.1 kB	306.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	102.1 kB	342.0 kB	[ファイル一覧]
armel	97.2 kB	272.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	95.9 kB	200.0 kB	[ファイル一覧]
i386	124.1 kB	344.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	106.4 kB	362.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	123.2 kB	406.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	112.6 kB	250.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	113.7 kB	326.0 kB	[ファイル一覧]