パッケージ: proteinortho (6.3.1+dfsg-1)

[ ソース: proteinortho  ]

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Proteinortho is a stand-alone tool that is geared towards large datasets and makes use of distributed computing techniques when run on multi-core hardware. It implements an extended version of the reciprocal best alignment heuristic. Proteinortho was applied to compute orthologous proteins in the complete set of all 717 eubacterial genomes available at NCBI at the beginning of 2009. Authors succeeded identifying thirty proteins present in 99% of all bacterial proteomes.

その他の proteinortho 関連パッケージ

• dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~)

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: liblapack3

  線形代数ルーチンライブラリ 3 - 共有ライブラリ版

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• dep: procps

  /proc ファイルシステムユーティリティ

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

proteinortho のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
s390x	310.6 kB	1,125.0 kB	[ファイル一覧]