パッケージ: pirs (2.0.2+dfsg-12 など)

[ ソース: pirs  ]

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

The program pIRS can be used for simulating Illumina PE reads, with a series of characters generated by Illumina sequencing platform, such as insert size distribution, sequencing error(substitution, insertion, deletion), quality score and GC content-coverage bias.

The insert size follows a normal distribution, so users should set the mean value and standard deviation. Usually the standard deviation is set as 1/20 of the mean value. The normal distribution by Box-Muller method is simulated.

The program simulates sequencing error, quality score and GC content- coverage bias according to the empirical distribution profile. Some default profiles counted from lots of real sequencing data are provided.

To simulate reads from diploid genome, users should simulate the diploid genome sequence firstly by setting the ratio of heterozygosis SNP, heterozygosis InDel and structure variation.

その他の pirs 関連パッケージ

• dep: fonts-liberation

  fonts with the same metrics as Times, Arial and Courier

• dep: gnuplot-qt

  Command-line driven interactive plotting program. QT-package

  または gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.34) [arm64 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, i386, riscv64 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: pirs-profiles

  profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

pirs のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	2.0.2+dfsg-12	116.7 kB	390.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.0.2+dfsg-12+b1	108.7 kB	423.0 kB	[ファイル一覧]
armel	2.0.2+dfsg-12	102.8 kB	352.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	2.0.2+dfsg-12	102.6 kB	304.0 kB	[ファイル一覧]
i386	2.0.2+dfsg-12	122.5 kB	392.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.0.2+dfsg-12	115.4 kB	432.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.0.2+dfsg-12	117.0 kB	422.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.0.2+dfsg-12+b1	112.9 kB	335.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	2.0.2+dfsg-12	113.8 kB	390.0 kB	[ファイル一覧]