すべてのオプション
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ ソース: seaview  ]

パッケージ: seaview (1:5.0.5-2 など)

seaview に関するリンク

Screenshot

Debian の資源:

seaview ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

外部の資源:

類似のパッケージ:

Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

SeaView is a viewer and editor of multiple sequence alignments, i.e. DNA or protein sequences are positioned each in their own separate line, such that the nucleotide/amino acid at a particular position (column) is presumed to have the same biochemical property.

SeaView reads and writes various file formats (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) of DNA and protein sequences and of phylogenetic trees. Alignments can be manually edited. It drives the programs Muscle or Clustal Omega for multiple sequence alignment, and also allows one to use any external alignment algorithm able to read and write FASTA-formatted files. It computes phylogenetic trees by parsimony using PHYLIP's dnapars/protpars algorithm, by distance with NJ or BioNJ algorithms on a variety of evolutionary distances, or by maximum likelihood using the program PhyML 3.0.

SeaView draws phylogenetic trees on screen or PostScript files, and allows one to download sequences from EMBL/GenBank/UniProt using the Internet.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, implemented-in::c++, ユーザインタフェース: コマンドライン, interface::graphical, interface::x11, ネットワークの利用方法: クライアント, ネットワークプロトコル: 追加のタグが必要, 役割: role::program, scope::utility, インタフェースツールキット: FLTK, 目的: 追加のタグが必要, use::comparing, use::editing, 印刷, use::viewing, works-with-format::plaintext, 取り扱い対象: works-with::biological-sequence, x11::application

その他の seaview 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • enhances

seaview のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ バージョン パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
mips64el 1:5.0.5-2+b1 370.5 kB1,195.0 kB [ファイル一覧]