パッケージ: exonerate (2.4.0-5 など)

[ ソース: exonerate  ]

generic tool for pairwise sequence comparison

Exonerate allows you to align sequences using a many alignment models, using either exhaustive dynamic programming, or a variety of heuristics. Much of the functionality of the Wise dynamic programming suite was reimplemented in C for better efficiency. Exonerate is an intrinsic component of the building of the Ensembl genome databases, providing similarity scores between RNA and DNA sequences and thus determining splice variants and coding sequences in general.

An In-silico PCR Experiment Simulation System (see the ipcress man page) is packaged with exonerate.

This package also comes with a selection of utilities for performing simple manipulations quickly on fasta files beyond 2Gb

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::TODO, use::searching, サポート形式: 追加のタグが必要, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

その他の exonerate 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3)

  C ルーチンの GLib ライブラリ

• sug: wise

  DNA 配列とタンパク質配列のような生体高分子の比較

• enh: bioperl-run

  パッケージは利用できません

exonerate のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
mips64el	2.4.0-5+b1	1,728.5 kB	11,371.0 kB	[ファイル一覧]