[ ソース: tnseq-transit ]
パッケージ: tnseq-transit (3.3.4-1)
tnseq-transit に関するリンク
Debian の資源:
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メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [saclab.tamu.edu]
類似のパッケージ:
統計的な遺伝子もしくはゲノム領域の必須性計算
Tn-Seq データセットの解析用のソフトウェアです。遺伝子およびゲノム領域の必須性の 様々な統計計算手法 (2条件間の条件付必須性を含む) を含みます。これらの手法は Sassetti lab (UMass) と Ioerger lab (Texas A&M) のコラボレーションにより 開発および検証されています。
TRANSIT は Himar1 または Tn5 データセットから構築された TnSeq ライブラリを 解析することができます。
TRANSIT はローシークエンスファイル (.fastq) の前処理が済んでおり、 リードカウントが .wig フォーマットのファイルに抽出されていることを想定 しています。.wig ファイルには挿入が起こりうる (リードがないサイトを含む) 全てのサイトのカウントが含まれていることが要求されます。Himar1 データセット の場合、これはゲノム内の全 TA サイトです。Tn5 データセットの場合、 これはゲノム中ノ全ヌクレオチドになるでしょう。
その他の tnseq-transit 関連パッケージ
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- dep: bwa
- Burrows-Wheeler Aligner
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: python3-matplotlib
- Python based plotting system in a style similar to Matlab
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- dep: python3-numpy
- Fast array facility to the Python language (Python 3)
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- dep: python3-pil
- Python Imaging Library (Python3)
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- dep: python3-pkg-resources
- pkg_resources を用いたパッケージ検索およびリソースアクセス
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- dep: python3-pubsub
- Python 3 publish-subcribe library
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- dep: python3-scipy
- scientific tools for Python 3
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- dep: python3-sklearn
- Python modules for machine learning and data mining - Python 3
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- dep: python3-statsmodels
- Python3 module for the estimation of statistical models
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- dep: python3-wxgtk4.0
- Python 3 interface to the wxWidgets Cross-platform C++ GUI toolkit