パッケージ: miniasm (0.3+dfsg-4)

[ ソース: miniasm  ]

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: role::program, science::calculation, 目的: 計算, use::comparing, works-with::biological-sequence

その他の miniasm 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• rec: minimap

  tool for approximate mapping of long biosequences such as DNA reads

miniasm のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
armel	27.7 kB	82.0 kB	[ファイル一覧]