[ ソース: last-align ]
パッケージ: last-align (1542-1 など)
last-align に関するリンク
Debian の資源:
last-align ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
- Debian Med Packaging Team (QA ページ, メールアーカイブ)
- Charles Plessy (QA ページ)
- Andreas Tille (QA ページ)
- Nilesh Patra (QA ページ)
外部の資源:
- ホームページ [gitlab.com]
類似のパッケージ:
genome-scale comparison of biological sequences
LAST is software for comparing and aligning sequences, typically DNA or protein sequences. LAST is similar to BLAST, but it copes better with very large amounts of sequence data. Here are two things LAST is good at:
* Comparing large (e.g. mammalian) genomes. * Mapping lots of sequence tags onto a genome.
The main technical innovation is that LAST finds initial matches based on their multiplicity, instead of using a fixed size (e.g. BLAST uses 10-mers). This allows one to map tags to genomes without repeat-masking, without becoming overwhelmed by repetitive hits. To find these variable-sized matches, it uses a suffix array (inspired by Vmatch). To achieve high sensitivity, it uses a discontiguous suffix array, analogous to spaced seeds.
その他の last-align 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.38)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.5)
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
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- rec: parallel
- build and execute command lines from standard input in parallel
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- rec: python3-pil
- Python Imaging Library (Python3)