パッケージ: concavity (0.1+dfsg.1-6) [debports]
concavity に関するリンク
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外部の資源:
- ホームページ [compbio.cs.princeton.edu]
類似のパッケージ:
predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation
ConCavity predicts protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure.
ConCavity takes as input a PDB format protein structure and optionally files that characterize the evolutionary sequence conservation of the chains in the structure file.
The following result files are produced by default:
* Residue ligand binding predictions for each chain (*.scores). * Residue ligand binding predictions in a PDB format file (residue scores placed in the temp. factor field, *_residue.pdb). * Pocket prediction locations in a DX format file (*.dx). * PyMOL script to visualize the predictions (*.pml).
その他の concavity 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.38)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 5)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- sug: conservation-code
- protein sequence conservation scoring tool
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- sug: pymol
- Molecular Graphics System