パッケージ: libtfbs-perl (0.7.1+ds-4 など) [debports]
libtfbs-perl に関するリンク
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外部の資源:
- ホームページ [tfbs.genereg.net]
類似のパッケージ:
scanning DNA sequence with a position weight matrix
The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.
If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".
Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>
その他の libtfbs-perl 関連パッケージ
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- dep: bioperl
- Perl tools for computational molecular biology
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- dep: libc6 (>= 2.40)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libdbi-perl
- Perl Database Interface (DBI)
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- dep: libwww-perl
- world-wide web へのシンプルで一貫性のあるインターフェース
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- dep: pdl (>= 1:2.093-1+b1)
- perl data language: Perl extensions for numerics
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- dep: perl (>= 5.40.0-6)
- Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
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- dep: perlapi-5.40.0
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: perl-base
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- rec: libgd-gd2-perl
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libgd-perl
- または libgd-gd2-noxpm-perl
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libgd-perl