パッケージ: python3-pybigwig (0.3.23+dfsg-1 など)

[ ソース: pybigwig  ]

Python 3 module for quick access to bigBed and bigWig files

This is a Python extension, written in C, for quick access to bigBed files, and access to and creation of bigWig files.

The bigWig format was originally created in the context of genome browsers. There, computing exact summary statistics for a given interval is less important than quickly being able to compute an approximate statistic. Because of this, bigWig files contain not only interval-value associations, but also `sum of values`/`sum of squared values`/`minimum value`/`maximum value`/`number of bases covered` for equally sized bins of various sizes. These different sizes are referred to as "zoom levels". The smallest zoom level has bins that are 16 times the mean interval size in the file and each subsequent zoom level has bins 4 times larger than the previous. This methodology is used in Kent's tools and, therefore, likely used in almost every currently existing bigWig file.

When a bigWig file is queried for a summary statistic, the size of the interval is used to determine whether to use a zoom level and, if so, which one. The optimal zoom level is that which has the largest bins no more than half the width of the desired interval. If no such zoom level exists, the original intervals are instead used for the calculation.

その他の python3-pybigwig 関連パッケージ

• dep: libbigwig0t64 (>= 0.4.6)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [alpha, arm64, hppa, ia64, ppc64el, riscv64, sh4, x32 以外]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libpython3.11t64 (>= 3.11.5) [ia64]

  Python 共有ランタイムライブラリ (バージョン 3.11)

• dep: libpython3.12t64 (>= 3.12.1) [ia64, x32]

  Shared Python runtime library (version 3.12)

  dep: libpython3.12t64 (>= 3.12.7) [ia64, x32 以外]

• dep: libpython3.13 (>= 3.13.0~rc3) [ia64, x32 以外]

  Shared Python runtime library (version 3.13)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.13) [ia64, x32]

  dep: python3 (<< 3.14) [ia64, x32 以外]

  dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.12~) [ia64 以外]

• dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0)

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-numpy-abi9

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: python3-numpy

python3-pybigwig のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	0.3.23+dfsg-1+b1	39.5 kB	319.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	0.3.23+dfsg-1+b1	38.5 kB	229.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.3.23+dfsg-1+b1	43.2 kB	317.0 kB	[ファイル一覧]
armel	0.3.23+dfsg-1+b1	36.4 kB	203.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.3.23+dfsg-1+b1	34.3 kB	171.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	0.3.23+dfsg-1+b1	39.3 kB	231.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.3.23+dfsg-1+b1	40.9 kB	227.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	0.3.22+dfsg-1+b2	47.8 kB	316.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	0.3.23+dfsg-1+b1	35.7 kB	201.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.3.23+dfsg-1+b1	45.4 kB	333.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	0.3.23+dfsg-1+b1	41.7 kB	317.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.3.23+dfsg-1+b1	40.8 kB	317.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	0.3.23+dfsg-1+b1	47.7 kB	229.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	0.3.23+dfsg-1+b1	38.3 kB	229.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	0.3.23+dfsg-1+b1	40.7 kB	315.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	0.3.23+dfsg-1+b1	35.7 kB	2,117.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	0.3.23+dfsg-1	37.7 kB	130.0 kB	[ファイル一覧]