パッケージ: r-cran-spp (1.16.0-2) [debports]
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外部の資源:
- ホームページ [cran.r-project.org]
類似のパッケージ:
GNU R ChIP-seq processing pipeline
R package for anlaysis of ChIP-seq and other functional sequencing data
* Assess overall DNA-binding signals in the data and select appropriate quality of tag alignment. * Discard or restrict positions with abnormally high number of tags. * Calculate genome-wide profiles of smoothed tag density and save them in WIG files for viewing in other browsers. * Calculate genome-wide profiles providing conservative statistical estimates of fold enrichment ratios along the genome. These can be exported for browser viewing, or thresholded to determine regions of significant enrichment/depletion. * Determine statistically significant point binding positions * Assess whether the set of point binding positions detected at a current sequencing depth meets saturation criteria, and if does not, estimate what sequencing depth would be required to do so.
その他の r-cran-spp 関連パッケージ
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- dep: libbz2-1.0
- 高品質なブロックソートファイル圧縮器 - ランタイム
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1)
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: r-api-4.0
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: r-base-core
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- dep: r-base-core (>= 4.0.2-1)
- GNU R core of statistical computation and graphics system
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- dep: r-bioc-rsamtools
- GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import
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- dep: r-cran-bh (>= 1.66)
- (Virtual) GNU R package to provide BH
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- dep: r-cran-catools
- GNU R package providing various utility functions
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- dep: r-cran-rcpp
- GNU R package for Seamless R and C++ Integration
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム