パッケージ: mira-assembler (4.9.6-11)

[ ソース: mira  ]

Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler

The mira genome fragment assembler is a specialised assembler for sequencing projects classified as 'hard' due to high number of similar repeats. For expressed sequence tags (ESTs) transcripts, miraEST is specialised on reconstructing pristine mRNA transcripts while detecting and classifying single nucleotide polymorphisms (SNP) occurring in different variations thereof.

The assembler is routinely used for such various tasks as mutation detection in different cell types, similarity analysis of transcripts between organisms, and pristine assembly of sequences from various sources for oligo design in clinical microarray experiments.

The package provides the following executables: Binaries provided:

 * mira: for assembly of genome sequences
 * miramem: estimating memory needed to assemble projects.
 * mirabait: a "grep" like tool to select reads with kmers up to 256 bases.
 * miraconvert: is a tool to convert, extract and sometimes recalculate all
   kinds of data related to sequence assembly files.

タグ: 役割: プログラム

その他の mira-assembler 関連パッケージ

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  C++ でのファイルシステム操作 (ポータブルなパス、ディレクトリの列挙など)

• dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libexpat1 (>= 2.0.1)

  XML パース用 C ライブラリ - ランタイムライブラリ

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• rec: mira-rfam-12s-rrna

  extract of RFAM 12 rRNA database

• sug: mira-doc

  documentation for the mira assembler

mira-assembler のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
armel	2,145.5 kB	7,031.0 kB	[ファイル一覧]