パッケージ: sim4 (0.0.20121010-8) [debports]
cDNA とゲノム DNA の整列用ツール
sim4 は、発現 DNA 配列 (EST, cDNA, mRNA) をその遺伝子のゲノム配列に整列 (アラ イメント) するための類似度ベースのツールです。二つの入力配列が片方の端で重 なる (すなわち、一つの配列の開始位置がもう一方の終了位置に重なる) 時に終端 の一致も検知します。
sim4 は blast ベースの技術を利用し、最初に "エクソンコア" を表す基本的な マッチングブロックを決定します。第一段階では、二つの配列間で W-mers (すなわ ちサイズ W の DNA ワード) のあり得る全ての完全一致を検出し、それらを最大ス コアのギャップ無しセグメントに拡張します。第二段階では、貪欲アライメントア ルゴリズムを用いて、エクソンコアを隣接するまだ一致していない断片に拡張しま す。そして、スプライス部位認識シグナル (GT-AG, CT-AC) に合致する配置を優先 するように発見的手法が利用されます。もし必要であれば、一致しなかった断片に 対して、厳密さのより小さいパラメータを使ってそのプロセスを繰り返します。
その他の sim4 関連パッケージ
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- dep: libc6.1 (>= 2.29)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb